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FLUX DE TRAVAIL DES DIAGNOSTICS MOLECULAIRES
À quoi servent les tests moléculaires ?
En médecine, il s'agit d'un test de laboratoire qui vérifie la présence de certains gènes, protéines ou autres molécules dans un échantillon de tissu, de sang ou d'un autre liquide organique. En ce qui concerne les maladies infectieuses, par exemple, le diagnostic moléculaire présente des avantages majeurs par rapport à la seule utilisation de la sérologie.
Les tests moléculaires vérifient également certaines modifications d'un gène ou d'un chromosome susceptibles de provoquer ou d'affecter le risque de développer une maladie ou un trouble spécifique, tel qu'un cancer. Le diagnostic moléculaire est une méthode plus sensible qui permet de détecter de plus faibles quantités d'agents infectieux et donc de détecter les infections plus tôt que ce qui était possible auparavant. Cette capacité est particulièrement importante pour le dépistage sanguin.
Le diagnostic moléculaire est un ensemble de techniques utilisées pour analyser les marqueurs biologiques du génome et du protéome (le code génétique de l'individu et la façon dont ses cellules expriment ses gènes sous forme de protéines) en appliquant la biologie moléculaire aux mtests médicaux. Cette technique est utilisée pour diagnostiquer et surveiller les maladies, détecter les risques et décider des thérapies les plus efficaces pour chaque patient.[1][2](avant-propos)
1. Echantillonnage Clinique
Cette première étape consiste à collecter, préparer, concentrer et trier les échantillons.
2. Extraction d’acides nucléiques
Au cours de cette seconde étape, l'acide nucléique est isolé de l'échantillon à étudier. Quelle que soit l'analyse effectuée en aval (RT-PCR ou séquençage), il est impossible d'obtenir une analyse de bonne qualité sans éliminer les contaminants ou les inhibiteurs de l'échantillon.
3. Mise en œuvre de la réaction PCR
La troisième étape est la configuration de la réaction. La réaction de polymérisation en chaîne (PCR) est une technique fondamentale en biologie moléculaire en raison de sa capacité exceptionnelle à amplifier et à quantifier avec précision des quantités extrêmement faibles d'acides nucléiques. De nombreuses étapes peuvent être automatisées grâce à des kits prêts à l'emploi et des manipulateurs de liquides automatisés. Le temps, la répétabilité et la manipulation précise de microvolumes font partie du jeu.
4. Analyse
Enfin, lors de la 4ème étape, l'analyse de l'acide nucléique préparé peut être réalisée. Les techniques de détection des acides nucléiques sont actuellement basées sur la fluorescence, la colorimétrie ou la chimiluminescence. A titre d'exemple, vous pouvez utiliser : des systèmes d'électrophorèse capillaire, des imageurs de gel, des instruments de PCR en temps réel ou d'autres analyseurs d'acides nucléiques.
Les thermocycleurs / thermo-cycleurs de PCR en temps réel effectuent la PCR quantitative (qPCR) pour des expériences sur l'expression des gènes, la variation génétique, le génotypage et la détection spécifique de cellules cibles rares, de bactéries et de virus.
Le séquençage de nouvelle génération (NGS) a révolutionné la recherche génomique au cours de la dernière décennie. La préparation des échantillons NGS est toutefois un processus fastidieux et laborieux. L'automatisation de la construction des librairies permet de surmonter cet inconvénient et de réduire le temps de travail.
À toutes les étapes du processus, des fonctionnalités de laboratoire (telles que : la communication avec les instruments, la validation automatisée des résultats, le contrôle de la qualité, la consultation en ligne des résultats en temps réel et bien d'autres encore) sont essentielles par exemple pour répondre aux exigences de qualité en pré-analyse et permettre un encodage décentralisé dans les centres d'échantillonnage, réduisant ainsi la charge des erreurs pré-analytiques. Des outils efficaces de gestion des informations cliniques sont alors fortement recommandés.
Cette première étape consiste à collecter, préparer, concentrer et trier les échantillons.
2. Extraction d’acides nucléiques
Au cours de cette seconde étape, l'acide nucléique est isolé de l'échantillon à étudier. Quelle que soit l'analyse effectuée en aval (RT-PCR ou séquençage), il est impossible d'obtenir une analyse de bonne qualité sans éliminer les contaminants ou les inhibiteurs de l'échantillon.
3. Mise en œuvre de la réaction PCR
La troisième étape est la configuration de la réaction. La réaction de polymérisation en chaîne (PCR) est une technique fondamentale en biologie moléculaire en raison de sa capacité exceptionnelle à amplifier et à quantifier avec précision des quantités extrêmement faibles d'acides nucléiques. De nombreuses étapes peuvent être automatisées grâce à des kits prêts à l'emploi et des manipulateurs de liquides automatisés. Le temps, la répétabilité et la manipulation précise de microvolumes font partie du jeu.
4. Analyse
Enfin, lors de la 4ème étape, l'analyse de l'acide nucléique préparé peut être réalisée. Les techniques de détection des acides nucléiques sont actuellement basées sur la fluorescence, la colorimétrie ou la chimiluminescence. A titre d'exemple, vous pouvez utiliser : des systèmes d'électrophorèse capillaire, des imageurs de gel, des instruments de PCR en temps réel ou d'autres analyseurs d'acides nucléiques.
Les thermocycleurs / thermo-cycleurs de PCR en temps réel effectuent la PCR quantitative (qPCR) pour des expériences sur l'expression des gènes, la variation génétique, le génotypage et la détection spécifique de cellules cibles rares, de bactéries et de virus.
Le séquençage de nouvelle génération (NGS) a révolutionné la recherche génomique au cours de la dernière décennie. La préparation des échantillons NGS est toutefois un processus fastidieux et laborieux. L'automatisation de la construction des librairies permet de surmonter cet inconvénient et de réduire le temps de travail.
À toutes les étapes du processus, des fonctionnalités de laboratoire (telles que : la communication avec les instruments, la validation automatisée des résultats, le contrôle de la qualité, la consultation en ligne des résultats en temps réel et bien d'autres encore) sont essentielles par exemple pour répondre aux exigences de qualité en pré-analyse et permettre un encodage décentralisé dans les centres d'échantillonnage, réduisant ainsi la charge des erreurs pré-analytiques. Des outils efficaces de gestion des informations cliniques sont alors fortement recommandés.
